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淀真嗣和绫波丽：一开始对真嗣比较冷淡，但在与第五使徒交战后对真嗣露出了微笑，对他的称呼也从“你”变为“真嗣君”，开始敞开心扉。绫波丽在剧中所展现的一切表情都与真嗣有关，与高高在上的碇源堂不同，对于用同等身份地位与自己接触的真嗣，绫波终于对他产生了好感，也渐渐地使绫波拥有了自我。并且在与使徒的不断战斗接触中，第一次流着泪说想与真嗣在一起，最终为了真嗣而使徒同归于尽。之后，用其他肉体复活的绫波丽并没有继承下这份感情，对真嗣的称呼也回到了最初的“你”，并且由于真嗣知道了真相而与她产生了距离。但是剧场版中，绫波对于真嗣的愤怒产生了回应，“真嗣君在呼唤我”绫波从碇源堂身边离去，还原成莉莉丝奔向真嗣，把人类的来交给真嗣。

淀真嗣和明日香：惣流·明日香·兰格雷与碇真嗣都明显保持着一种爱恨交织的关系。他们互相吸引，但是无法适当的表达自己的感觉。在碇真嗣面前，明日香非常自傲，而且不会承认自己的脆弱。在他们首次见面后，她似乎乐于捉弄与嘲笑碇真嗣，并常以言语来攻击他。明日香内心对真嗣抱有一定的期待，但几乎无法得到回应。后来在她担任驾驶员的自信心崩溃后，明日香对于真嗣的态度更加严厉与刻薄。

淀真嗣和葛城美里：从最开始对真嗣的怜爱，到最后也就是一切结束的时候似乎又有新的一些莫名的感情，她死前的那一吻也是她真实情感的爆发，她似乎也很明白他对加持的爱更多的是因为从加持那里能看到他父亲的原因，这也是她离开加持的原因。

淀真嗣和渚薰：在化为废墟的第三新东京市，真嗣遇到了一个少年，渚薰。真嗣对薰产生了好感，但他的真实身份却是人形的使徒。薰操纵着二号机向最终教条下降，真嗣一边深深感到了被背叛的滋味，一边驾驶着初号机追去。当薰发现最终教条那里的是LILITH而不是ADAM之后，知道自己被SEELE骗了，于是放弃了战斗，面带微笑请求真嗣把自己杀了。真嗣驾驶的初号机手握渚薰，漫长的沉默后，初号机发出捏碎的声音，血溅当场，随即画面呈现渚薰的头颅啪嗒一声落入水中，渚薰便如此悲剧落幕。