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明朝沿长城设立了十三个边镇（即边防军区）。驻守这些边镇的驻军人数，嘉靖十年（1531）为37.1万人，嘉靖十八年（1539）增到61.9万人，万历十年（1582）更达到68.6万人。明廷不仅要为这支庞大的边防军提供军饷粮秣，还需要为他们配备武器装备，包括技术先进、价格昂贵的火器。隆庆三年（1569）后，仅日常驻守在长城上的官兵人数达六万余人，需配备佛郎机八千余架，神枪一万两千余支，神箭三十六万支，火药一百五十吨以上。

要供养和装备这支边防军，需要投入巨量的资源。这笔开支成为明朝财政支出的主要部分。明朝边军的开支，每年所编列的银两数从嘉靖十年的三百三十六万余两，暴增到万历十年的八百二十七万余两。这八百二十七万余两的边镇军费，是万历六年太仓银库（国库）年收入（三百六十七万余两）的2.25倍。这个沉重的负担大大限制了明朝在其他方面进行军事行动的能力。