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将南方满城、八旗军事力量和人口一扫而空，使存在了200年的满清赖以控制地方的力量彻底瓦解，统治阶层不得不让渡军事权力和更多的行政权力给汉族，就此之后再也无法锁住汉族，哪怕后面又重建满城。

太平军两次攻破清军江北大营、两次攻破清军江南大营，摧毁了清朝最为精锐的部队，太平军在战争中长期控制江浙这些富庶地区，使得清朝一度失去了重要的财政来源，清廷在财政上不得不允许地方自主筹措军饷和征税，导致清政府的财政和行政权力被迫下放，这一政策最终使得地方实力派逐渐壮大，导致了湘军、淮军的崛起。