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主角被冒失的邻居喊去心齐湖去寻找宝可梦，当主角一行被野生宝可梦袭击时，在山梨博士的帮助下，主角取得了最初的伙伴，主角与劲敌也萌生了一起冒险的念头。在旅行中，主角遇到了银河队，从神奥地区的冠军那里得知了有关掌管空间和时间的龙的传说。然而银河队的老大赤日就是要利用湖之传说的宝可梦来解开时空二龙的枷锁，创造所谓的新世界。赤日疯狂的行为引发了时空二龙的碰撞，世界即将崩坏，而拯救世界就只能靠主角的孤注一掷。