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新的冒险舞台合众地区，主角获得了红豆杉博士送的最初的伙伴，并展开冒险。旅途中，主角遇见了四处宣讲并拉拢市民的等离子队，并与他们发生多次冲突，也邂逅了等离子队的王——Ｎ，在与其对战时得知了等离子队的目标——解放所有的宝可梦，然而等离子队背后的黑手却并非将这个目标贯彻。主角抵达宝可梦联盟时，等待主角的是战败的冠军和等离子队拔地而起的城堡，主角走进了这座署名为N之城的神秘城堡，理想与真实的对决就此展开！